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法然上人が加茂の明神の神勅により、賀茂の河原堂に住まわれたところ。昔は今出川の釈迦堂とも称した。その後、度々の兵火で寛文2年（1662）この地に移ったとつたえている。上人にいつも給仕した勢観房源智が上人からこの禅房をうけ一寺を建立し功徳院と名づけ御影堂を建立して知恩寺と称した。百万遍というのは後醍醐天皇の御代に、悪疫が流行したので、この寺の普寂国師によって、宮中で17日間念仏したことにより、悪疫も退散したところから、知恩寺に百万遍の名をあたえられたのである。浄土宗の大本山で宝物には長さ110米という百万遍の大念珠があり、また弘法大師の利剣の名号などがある。
附近には大本山黒谷第24番金戒光明寺、法然院、第23番大本山清浄華院、第25番総本山知恩院などがある。
